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査読付き学術論文

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  1. Morimoto, K.(*), Nishikaze, T.(*), Yoshizawa, A.C.(*), Kajihara, S., Aoshima, K., Oda, Y., and Tanaka, K.
    GlycanAnalysis Plug-in: A database search tool for N-glycan structure using mass spectrometry
    Bioinformatics, 31: 2217-2219 (2015)
    [PMID: 25712693] [doi: 10.1093/bioinformatics/btv110(Impact factor(’14): 4.621)
  2. Aoshima, K.(*), Takahashi, K., Ikawa, M., Kimura, T., Fukuda, M., Tanaka, S.,  Parry, H.E., Fujita, Y., Yoshizawa, A.C., Utsunomiya, S., Kajihara, S., Tanaka, K., and Oda, Y.
    A simple peak detection and label-free quantitation algorithm for chromatography-mass spectrometry
    BMC Bioinformatics, 15: 376 (2014)
    [PMID: 25420746] [doi: 10.1186/s12859-014-0376-0(Impact factor(’14): 2.67)
  3. Utsunomiya, S.(*), Fujita, Y., Tanaka, S., Kajihara, S., Aoshima, K., Oda, Y., and Tanaka, K.
    Signal Processing Algorithm Development for Mass++ (Ver. 2): Platform Software for Mass Spectrometry
    IPSJ Transactions on Bioinformatics, 7: 24-29 (2014)
    [doi: 10.2197/ipsjtbio.7.24]
  4. Yao, J., Utsunomiya, S., Kajihara, S.(*), Tabata, T., Aoshima, K., Oda,Y., and Tanaka, K.
    Peptide Peak Detection for Low Resolution MALDI-TOF Mass Spectrometry
    Mass Spectrometry, 3: A0030 (2014)
    [doi: 10.5702/massspectrometry.A0030]
  5. Tanaka, S.(*), Fujita, Y., Parry, H.E., Yoshizawa, A.C., Morimoto, K., Murase, M., Yamada, Y., Yao, J., Utsunomiya, S., Kajihara, S., Fukuda, M., Ikawa, M., Tabata, T., Takahashi, K., Aoshima, K., Nihei, Y., Nishioka, T., Oda, Y., and Tanaka, K.
    Mass++: A visualization and analysis tool for mass spectrometry
    Journal of Proteome Research, 13: 3846–3853 (2014)
    [PMID: 24965016] [doi: 10.1021/pr500155z(Impact factor(’13): 5.056)
  6. Horai, H., Arita, M., Kanaya, S., Nihei, Y., Ikeda, T., Suwa, K., Ojima, Y., Tanaka, K., Tanaka, S., Aoshima, K., Oda, Y., Kakazu, Y., Kusano, M., Tohge, T., Matsuda, F., Sawada, Y., Yokota-Hirai, M., Nakanishi, H., Ikeda, K., Akimoto, N., Maoka, T., Takahashi, H., Ara, T., Sakurai, N., Suzuki, H., Shibata, D., Neumann, S., Iida, T., Tanaka, K., Funatsu, K., Matsuura, F., Soga, T., Taguchi, R., Saito, K., and Nishioka, T. (*)
    MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences
    Journal of Mass Spectrometry, 45: 703-714 (2010)
    [PMID: 20623627] [doi: 10.1002/jms.1777] (Impact factor(’09): 3.411)

国際学会(&海外学会)口頭発表

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1. 2013/9/14 Introduction of MS analysis software Mass++ Satoshi Tanaka HUPO2013 (Human Proteome Organization World Conference 2013) (Yokohama, Japan)[Evening Seminar] “Funding Program for World-Leading Innovative R&D on Science and Technology (FIRST) Tanaka ms3d Project”
2. 2013/9/14 Biomarker discovery using Mass++ software Ken Aoshima HUPO2013 (Human Proteome Organization World Conference 2013) (Yokohama, Japan)[Evening Seminar] “Funding Program for World-Leading Innovative R&D on Science and Technology (FIRST) Tanaka ms3d Project”
3. 2012/9/20 Ab initio peak identification for SRM/MRM data Ken Aoshima IMSC2012 (International Mass Spectrometry Conference 2012) (Kyoto, Japan) S30-1640
4. 2012/9/20 Mass++: A Visualization and Analysis Tool for Mass Spectrometry Satoshi Tanaka IMSC2012 (International Mass Spectrometry Conference 2012) (Kyoto, Japan)[Workshop] “Mass++ and MassBank: Tools for Data Processing and Database on PC”

国際学会(&海外学会)ポスター発表

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1. 2013/9/14 Identification and label-free quantitation of mass spectrometric data via freely available plug-in software, Mass++ Satoshi Tanaka, Yuichiro Fujita, Akiyasu C. Yoshizawa, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Mitsuru Fukuda, Masayuki Ikawa, Kentaro Takahashi, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Koichi Tanaka HUPO2013 (Human Proteome Organization World Conference 2013) (Yokohama, Japan) POS-01-246
2. 2013/9/14 A simple and fast label-free quantitation algorithm for LC-MS Ken Aoshima, Masayuki Ikawa, Takayuki Kimura, Mitsuru Fukuda, Kentaro Takahashi, Satoshi Tanaka, Yuichiro Fujita, Akiyasu C. Yoshizawa, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Koichi Tanaka, Yoshiya Oda HUPO2013 (Human Proteome Organization World Conference 2013) (Yokohama, Japan) POS-01-271
3. 2013/6/9-13 New plug-ins for freely available Mass++ software to identify biomolecules Kentaro Morimoto, Takashi Nishikaze, Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Koichi Tanaka 61th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (Minneapolis, USA) MP358
4. 2013/6/9-13 Novel preprocessing method to align retention time of LC-MALDI and new implemented functions in Mass++ for differential analysis Yuichiro Fujita, Natsumi Funakoshi, Yoshihiro Yamada, Satoshi Tanaka, Shin-ichirou Kawabata, Shinichi Iwamoto, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Koichi Tanaka 61th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (Minneapolis, USA) MP359
5. 2013/6/9-13 A platform for mass spectrometry to construct suitable software to achieve user’s own purposes Shin-ichi Utsunomiya, Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Shigeki Kajihara, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Koichi Tanaka 61th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (Minneapolis, USA) MP360
6. 2012/9/20 Rapid development of functional extensions for mass spectrometry using freeware Mass++ Howell E. Parry, Satoshi Tanaka, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Shinichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Koichi Tanaka IMSC2012 (International Mass Spectrometry Conference 2012) (Kyoto, Japan)  Pth-024
7. 2012/5/5-7 Peak Detection Method in Mass++ – A Protein Analysis Platform in Mass Spectrometry Jingwen Yao, Satoshi Tanaka, Howell Parry, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Koichi Tanaka, Tsuyoshi Tabata The 6th AOHUPO (Asia-Oceania Human Proteome Organization) Conference (Beijing, China)
8. 2011/6/9 Development of a client tool for a mass spectra database Satoshi Tanaka, Shigeki Kajihara, Shinichi Utsunomiya, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Yoshito Nihei, Takaaki Nishioka , Koichi Tanaka 59th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (Denver, USA)  ThP383
9. 2009 Mass++ is a plug-in type universal freeware for viewing and manipulating large scale LC/MS data Satoshi Tanaka, Ken Aoshima, Yuji Miura, Yoshiya Oda 57th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (Philadelphia, USA)
10. 2008 Mass++: An universal & plug-in style software form mass spectrometer Satoshi Tanaka, Ken Aoshima, Yuji Miura, Tsuyoshi Tabata, Yoshiya Oda 56th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics  (Denver, USA)
11. 2008 AB3D: A suite of Algorithms for Biomarker Discovery in Diagnostics and Drug Development using LC-MS Ken Aoshima, Satoshi Tanaka, Yuji Miura, Yoshiya Oda, Tatsuji Nakamura, Hiromi Ohashi, Masataka Ueda, Akiyoshi Suganuma, Junro Kuromitsu  56th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics  (Denver, USA)

国内学会口頭発表

国内学会ポスター発表

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1. 2016/5/18  オープンソース版 Mass++: ピーク検出機能の拡充 田中聡・太田悠葵・津元裕樹・草野麻衣子・吉沢明康・三浦ゆり・川崎ナナ・五斗進 第64回質量分析総合討論会(千里万博公園)  1P-33
2. 2015/12/3 オープンソース版Mass++によるオミックス解析 田中聡・津元裕樹・太田悠葵・村瀬雅樹・吉沢明康・川崎ナナ・五斗進 BMB2015 (第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会合同大会)  3P0410
3. 2015/10/29 – 10/31 Open-sourced Mass++ for Mass Spectrometric Data Analysis Masaki Murase, Satoshi Tanaka, Akiyasu C. Yoshizawa and Susumu Goto(村瀬雅樹・田中聡・吉沢明康・五斗進) 生命医薬情報学連合大会2015年大会(2015年日本バイオインフォマティクス学会年会) (京都) P22
4. 2015/7/23, 24 オープンソース版Mass++とプロテオーム解析 田中聡、村瀬雅樹、吉沢明康、五斗進 日本プロテオーム学会2015年会(JHUPO第13回大会)(熊本) P-089
5. 2015/06/19 オープンソース版Mass++ 田中聡、吉沢明康、五斗進 第63回質量分析総合討論会(つくば) 3P-33
6. 2014/5/24.25 質量分析用解析フリーソフトMass++を利用した多変量解析 梶原茂樹、草野麻衣子、藤田雄一郎、川畑慎一郎、田中耕一 第74回日本分析化学討論会 D2005
7. 2014/5/16 質量分析ソフトウェアMass++を用いたN型糖鎖負イオンMS/MSスペクトルの解析 森本健太郎、西風隆司、吉沢明康、梶原茂樹、青島健、小田吉哉、田中耕一 第62回質量分析総合討論会(大阪) 3P-13
8. 2014/5/15 Mass++: 同定機能と翻訳後修飾文献DBとの連携 田中聡、 吉沢明康、田畑剛、草野麻衣子、青島健、宇都宮眞一、梶原茂樹、小田吉哉、田中 耕一 第62回質量分析総合討論会(大阪) 2P-14
9. 2013/9/26,27 Mass++, MassBank を用いた脂質同定システムの構築 田中聡、吉沢明康、草野麻衣子、藤田雄一郎、福田充、宇都宮眞一、梶原茂樹、田畑剛、高橋健太郎、青島健、小田吉哉、二瓶義人、西岡孝明、田中耕一 日本医用マススペクトル学会第38回年会 P-38
10. 2013/9/12 質量分析用データ解析ソフトウェアMass++とマススペクトルデータベースMassBank連携プラグインの開発 青島健、福田充、井川幹之、高橋健太郎、木村剛之、梶原茂樹、宇都宮眞一、田中聡、吉沢明康、田中耕一、池田奨、二瓶義人、西岡孝明、小田吉哉 第61回質量分析総合討論会(つくば) 3P-08
11. 2013/9/12 Mass++:質量分析のピーク情報検出技術の開発 宇都宮眞一、姚精文、藤田雄一郎、田中聡、山田賢志、梶原茂樹、川畑慎一郎、田畑剛、高橋健太郎、青島健、小田吉哉、田中耕一 第61回質量分析総合討論会(つくば) 3P-09
12. 2013/9/12 Mass++:質量分析データによる構造解析機能 ― 糖鎖データベース検索を中心に 森本健太郎、西風隆司、田中聡、村瀬雅樹、船越なつ美、福山裕子、児嶋浩一、宇都宮眞一、梶原茂樹、高橋健太郎、福田充、青島健、小田吉哉、田中耕一 第61回質量分析総合討論会(つくば) 3P-10
13. 2013/9/12 Mass++: 質量分析データの一括解析 田中聡、藤田雄一郎、吉沢明康、福田充、宇都宮眞一、梶原茂樹、青島健、小田吉哉、田中耕一 第61回質量分析総合討論会(つくば) 3P-11
14. 2013/9/10 Mass++:差異解析のための統計・多変量解析機能 藤田雄一郎、船越なつ美、田中聡、山田賢志、岩本慎一、宇都宮眞一、梶原茂樹、青島健、小田吉哉、田中耕一 第61回質量分析総合討論会(つくば) 1P-07
15. 2012/10/25,26 Mass++ の開発:質量分析解析用”Platform Viewer” 宇都宮眞一、田中聡、村瀬雅樹、田畑剛、青島健、小田吉哉、梶原茂樹、田中耕一 日本医用マススペクトル学会第37回年会
16. 2011/9/14 Mass++ 2.0.0: 質量分析解析フリーウェアの新バージョン Howell Parry、田中聡、田畑剛、青島健、小田吉哉、二瓶義人、西岡孝明、宇都宮真一、梶原茂樹、田中耕一 第59回質量分析総合討論会 2P-01
17. 2010 Windows 版 MassBank をグループウェアとして利用する 池田奨、二瓶 義人、田中聡、蓬莱尚幸、青島健、小田吉哉、西岡孝明 第58回質量分析総合討論会(つくば)
18. 2009 質量分析用プラグイン型万能ソフトウェア Mass++ 開発の現状 田中聡、青島健、三浦雄治、小田吉哉 第57回質量分析総合討論会(大阪)
19. 2008 質量分析用プラグイン型万能ソフトウェア Mass++の 開発 田中聡、青島健、三浦雄治、田畑剛、小田吉哉 第56回質量分析総合討論会(つくば)
20. 2007 質量分析用プラグイン型万能ソフトウェア Mass++の 開発 田中聡、青島健、三浦雄治、田畑剛、小田吉哉 メタボロームシンポジウム(東京)

国内会合発表

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日付

タイトル 発表者 媒体

識別番号

1. 2016 Made in Japan のオープンソース・ソフトウェアを世界へ・・・
質量分析データ表示・解析ソフト Mass++ の現状と今後の展望
田中聡 質量分析インフォマティクス研究会第1回公開ワークショップ「質量分析データ解析のための計算科学」 (東京)
2. 2013 質量分析を取り巻くソフトウェアの現状 -Made in Japanを世界へ- 田中聡 質量分析学会 明日の質量分析を創る若手討論会 (伊東)
3. 2010 Mass++ で MassBankの検索機能を利用する 田中聡 日本質量分析学会 第128回 関西談話会 「MassBank: ESI-MS/MSの解釈からデータベース構築まで」 (大阪)
4. 2010 Mass++ によるMassBank の検索、データ出力 田中聡 日本質量分析学会 第133回 関東談話会 「MassBankおよびアノテーション講習会 (低分子・代謝物のマススペクトルデータベースの実習)」 (東京)
5.  2010 Mass++ を使って MassBank データの作成、検索をする 田中聡 日本質量分析学会 第122回 関西談話会 「マススペクトルデータベースMassBankの講演と体験」 (大阪)
6.  2009 Mass++ を MassBank のクライアントとして利用する 田中聡 日本質量分析学会 第132回 関東談話会 「マススペクトルデータベースMassBankの利用とインハウス・データベースの構築」 (横浜)

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